色谱分析作为重要的分离分析技术，已成为药物研制开发、生产单位、药品检验部门及医院临床检验等各个领域中药物质量控制必不可少的方法和技术。高效液相色谱法已逐渐成为药物分析领域中重要的分析手段及主要制备方式之一。
近年来，高效液相色谱法在药物分析中发挥着越来越重要的作用，主要是鉴别相关物质、检查药物中有关物质的含量限度以及测定有效成分或主要成分含量，世界各国已将该法收载于药典。
在HPLC法中，保留时间与组分的结构和性质有关，是定性的参数，可用于药物的鉴别。如中国药典收载的药物头孢羟氨苄的鉴别项下规定：在含量测定项下记录的色谱图中，供试品主峰的保留时间应与对照品主峰的保留时间一致。头孢拉定、头孢噻酚钠等头孢类药物以及地西泮注射液、曲安奈德注射液等多种药物均采用HPLC法进行鉴别。
用高效液相色谱法测定含量可以消除药物中的杂质，制剂中的附加剂及共存的药物对测定的干扰，因此药物成分含量测定中HPLC法应用广泛。
由于一种药剂常含有多组分，色谱方法是既能分离又能定量的方法。如脂溶性维生素片，含有铬维生素，有C18柱及含1%碳酸铵的甲醇为流动相。一次即可将各维生素B6、D1、A、E同时分离并定出含量。又如止痛药或退烧药也可用此法分离并测得各组分的含量。
RP-HPLC在HPLC各种模式中的应用最为广泛，其特点是固定相的极性小于流动相的极性，近10几年来，RP-HPLC，以其高分辨力、快速、重复性好等优点广泛应用于药物中有关物质含量的分离、分析与测定。
近年来，食品、药品、保健品以及动物饲料等各方面频频出现非法添加违禁药物的事件，这类成分往往对患者造成病情不受控制、药物中毒等不良反应，严重者甚至威胁到患者生命。高效液相色谱法对添加违禁药物的日常检验工作提供了有力的技术支持。
薛恒跃等建立化学官能团专属性鉴别方法和高效液相色谱法对抗癫痫类中药制剂中添加化学药品苯巴比妥进行初步确认，用高效液相色谱-质谱联用技术以对照品比对做最终确认，结果准确可靠。
保健食品中添加违禁药物的种类较多,以往由于缺乏必要的检测手段和法定的分析方法,一些添加违禁药物的保健食品,一时也很难检出其违禁药物的成分,只有对那些少数较为明确的违禁药物才进行有针对性的检测。因此,必须建立完整的违禁药物监测体系的长效机制和法定的分析方法,以确保食品安全。
HPLC法专属性强,方法可靠, 是目前保健食品中添加违禁药物的分析领域中应用最多的分析方法。随着新型检测器和高性能HPLC仪的问世,HPLC法在药物鉴别、含量测定、违禁药物分析中有着非常广阔的应用前景。
