在高效液相色谱法中，组分与保留时间的性质以及结构有一定的关联，它属于一类定性参数，可以用来鉴别药物。比如，我国药典收载的药物头孢羟氨苄的鉴别中有这样的规定：在含量测量项下记录的色谱图中，供试品主峰的保留时间必须与对照品主峰的保留时间相同。头孢噻酚钠、头孢拉定等头孢类药物、曲安奈德注射液以及地西泮注射液等多种药物都可以运用高效液相色谱法进行鉴别。有研究学者运用高效液相色谱法指纹图谱法来鉴别树胶与蜂胶，还有一些研究学者运用高效液相色谱法来测定一类新型抗肿瘤药temxolo-mide（替莫唑胺），并为新药申报提供有效的数据。这些运用对于药物的开发与鉴别提供了良好的手段与思路。
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