离子色谱仪有非抑制型离子色谱仪和抑制型离子色谱仪。没有流动相抑制系统的离子色谱仪称为非抑制型离子色谱仪，带流动相抑制系统的离子色谱仪称为抑制型离子色谱仪。

离子色谱仪的基本构造和工作原理与液相色谱仪基本相同，所不同的是离子色谱仪的检测器通常不是紫外可见光吸收检测器，而是电导检测器；色谱柱通常不是液相色谱仪所用的吸附型硅胶柱和分配型ODS柱，而是离子交换剂填充柱；离子色谱分析，特别是抑制型离子色谱分析往往用强酸性或强碱性物质作流动相，仪器流路系统耐酸碱的要求更高。
 
非抑制型离子色谱分析中，高压输液泵将流动相以稳定的流速或压力输送至分离体系，样品在色谱柱之前通过进样器导入，流动相将样品带入色谱柱，在色谱柱中各组分被分离，并依次随流动相流至检测器，数据处理系统对检测信号进行记录、处理和保存。非抑制型离子色谱仪不用抑制器和输送再生液的高压泵。
 
抑制型离子色谱仪是在电导检测器之前增加一个抑制系统，即用另一个高压输液泵将再生液输送至抑制器，在抑制器中，流动相背景电导被降低，然后将流出物导入检测器。
 
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