高效液相色谱仪中的第二个颗粒物来源是被测样品。
一些实验室在将他们的样品放置在高效液相色谱仪自动进样器盘（或手动进样）以前，所有样品都先通过一个0.45μm针筒式过滤器过滤。这是一个有效除去高效液相色谱仪被测样品中颗粒物的方法。但是这个过程也有一点需要关注：你使用了针筒式过滤器就不可能100%得到通过过滤器的被测样品，总会有或多或少的丢失。丢失来自这样几方面：过滤器滤膜的吸附、过滤器滤出的颗粒物上的吸附、针筒式滤膜过滤器与针筒连接处的渗漏等。
过滤器的使用是一种消耗，每个过滤器的价格从几元到十几元。但在做食品中残留物分析时，由于基质大多比较复杂，所以过滤这步已成为不可或缺的一步。在实际分析工作中，一般高效液相色谱仪检测每一组样品会带一个外标、一个添加回收或是质控样品，所以，只要最终检测时得到的信噪比能满足检出限要求，可将这步视为仪误差而忽略。
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