3. 分析样品选择性
气相色谱仪：相对分子质量较小（一般小于1000），低沸点（一般小于500℃），易挥发，热稳定性。
液相色谱仪：更适用于分析高沸点，难挥发,热稳定性差，分子质量较大（1000 - -2000）的液体化合物。
据统计，气相色谱能分析的有机物只占全部有机物的15%-20%，其可分析样品的范围小于液相色谱仪，但随着近几年技术的更新，如顶空进样和裂解进样等，进一步扩大了气相色谱的分析范围。4. 检测器差异
气相色谱仪：氢火焰离子化检测器（FID），热导检测器（TCD），电子捕获检测器（ECD），火焰光度检测器（FPD），氮磷检测器（NPD）。
液相色谱仪：紫外检测器，荧光检测器，示差折光检测器。
5. 其他方面
气相色谱仪：需要将样品在气化室气化，需要较高的检测温度，采用尖头进样针。
液相色谱仪：不必对样品气化，常温即可检测，采用平头进样针。
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